Después de la destrucción de Monteriggioni en el año 1500, el Asesino Ezio Auditore se encontró con Leonardo da Vinci en las calles de Roma para obtener información sobre el hijo del Papa, César Borgia. Advertido sobre el hombre que deseaba conocer, Ezio quería aprender más de todos modos.
Durante el año 1497, el hijo de Rodrigo, Juan Borgia fue nombrado Capitan General del ejército Papal, mientras César fue nombrado uno de los cardenales. No contento con la posición que se le dio, César planeó eliminar a su hermano. Con la ayuda de la cortesana Fiora Cavazza, César asesinó a su hermano en la cama y, seguidamente, tiró su cuerpo al Río Tiber. Como no tenía otro sustituto, Rodrigo nombró a César el nuevo Capitán General.
César comenzaría a conquistar la Romaña a finales de 1499 con Ramiro d’Orco, Oliverotto da Fermo y Vitellozzo Vitelli liderando sus ejércitos. Sin embargo, a mitad de su conquista, mucos de sus súbditos comenzaron a rebelarse contra él. En respuesta, César decapitó a Ramiro y vigiló a sus otros generales, sintiendo que ya no le servían para sus propósitos. Ante el temor de ser los siguientes, los restantes generales, Oliverotto y Vitellozzo, conspiraron contra César y comenzaron una rebelión en el año 1502. Los dos generales ganaron varias batallas y tomaron el control de bastantes tierras de César.
Escuchando las demandas de Oliverotto y Vitellozzo, César prometió aceptarlas todas, prometiendo que ellos volverían a su servicio y sus pasadas atrocidades serían olvidadas. Tras unos pocos meses, César dio una cena en su honor, sin embargo, en el último momento César reveló que era una emboscada y tenía a los dos generales aprisionados. César ordenó a Micheleto Corella estrangularlos para matarlos. Reclamando las tierras anteriormente tomadas por él, César se ganó el elogio y respeto tanto de sus aliados como de sus enemigos.
Para entonces, César se había rodeado de varias figuras poderosas y de talento, como Leonardo da Vinci. Escuchando lo suficiente, Ezio juró asesinar a César, a pesar de su reputación. Después de recibir un pergamino de Ezio, Leonardo volvería al lado de César para continuar su trabajo en sus máquinas de guerra. Mientras Leonardo entraba en el Castillo de San Angelo, Ezio vuelve a la ciudad, declarando que la corrupción de Roma va a terminar.